La Direction Générale est chargée d’élaborer le programme d’activité à soumettre au Conseil d’Administration. Elle assure la mise en œuvre et la coordination des activités planifiées. Elle est dirigée par un Directeur Général dont le recrutement, la nomination et la révocation sont décidés par le Conseil d'Administration et prononcés en Conseil des Ministres

Le Directeur Général assure la gestion quotidienne et la bonne marche du Fonds National pour I ‘Environnement et le Climat. Il est responsable de l'exécution, de la coordination et de la gestion de ses activités et de son développement dans le respect des orientations validées par le Conseil d’Administration. A ce titre, le Directeur Général :

• est l'ordonnateur du budget du Fonds ;
• coordonne et évalue les activités du Fonds ;
• procède au recrutement et au licenciement du personnel permanent ou contractuel du Fonds, dans le respect de la réglementation en vigueur ;
• élabore et fait adopter les documents de gestion du Fonds par le Conseil d'Administration ;
• représente le Fonds dans tous les actes de la vie civile, notamment à l'égard des tiers ;
• veille à l'application correcte des procédures techniques, administratives, financières et comptables.

Les services rattachés directement au Directeur Général se présentent comme il suit :

• le Secrétariat de Direction ;
• le Secrétariat Administratif ;
• le Bureau des Usagers, de la Documentation et du Pré archivage ;
• le Service d’Audit interne ;
• la Personne Responsable des Marchés Publics ;
• la Cellule de Contrôle des Marchés Publics ;
• le Comité d’Experts pour le Suivi Environnemental et Social et de l’approche Genre.